В период ВОВ архивный фонд страны понёс огромные потери — многие документы были уничтожены, особенно на территории, где шли боевые действия, в результате пожаров и бомбардировок. Страна потеряла огромное количество документов в ходе эвакуаций и реэвакуаций. За годы войны из 14 млн дел, вывезенных в 1941 году, в 1944 году вернулись на прежние места хранения более 9 млн. дел. Погибло около 87 млн. дел.
Материалы Центрального архива Министерства обороны содержат огромный массив исторической ценности: учёт военнослужащих, рядового и начальствующего состава, велась статистика материальных и трудовых ресурсов. Концентрация статистической работы на военных нуждах требовала от заполняющих документы максимальной оперативности. Документы создавались быстро и в огромном количестве. Отчётность вели военные части, военкоматы, бюро учёта потерь. Позже часть документов была передана в Центральный архив МО, некоторые передавались в региональные архивы, некоторые оставались в военкоматах, а часть — сжигались.